Берем копию папки программы из C:\Program Files (x86)\Microsoft\Skype
Располагаем в нужном нам месте
Создаем ярлык и дописываем в него –secondary и –datapath=”путь до нового профиля”
Если папки с таким профилем по указанному адресу нет, скайп ее создаст
Например
“C:\Program Files (x86)\Microsoft\Skype for Desktop\Skype.exe” –secondary –datapath “%appdata%\Microsoft\Skype for Desktop\profile1”